工程竣工结算款的计算通常遵循以下步骤和公式：

基本公式

竣工结算工程价款 = 预算或合同价款 + 施工过程中预算或合同价款调整数额 - 预付及已结算工程价款 - 质量保证（保修）金。

考虑因素

设计变更：施工中发生的设计变更、费用签证、费用索赔等，使工程价款发生增减变化的内容需要加以调整。

合同价款调整：根据合同约定，对施工过程中出现的各种变化进行调整。

预付及已结算工程价款：需要从总造价中扣除已经支付或结算的工程款项。

质量保证（保修）金：根据合同约定，扣除一定比例的保修金，通常为工程总价的3%左右，待工程交付使用一年后清算。

特殊情况

罚款金额：如果存在罚款金额，通常不能算入工程造价，需要在最终结算时扣除。

固定总价合同：若工程采用固定总价合同，且未全部完成施工即终止履行，则可以根据已完工程占整个工程的比例，乘以合同约定的固定总价，确定发包人应付的工程价款。

争议处理

当发包人和承包人对工程竣工结算价款发生争议时，首先应按合同约定处理。如果合同没有约定或约定不明，可以协商解决，或参照当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准进行结算。

结算流程

承包方在工程竣工验收报告经发包方认可后28天内，向发包方递交竣工结算报告及完整的结算资料。

发包方在收到竣工结算报告及结算资料后28天内进行核实，给予确认或提出修改意见。

发包方确认竣工结算报告后，通知经办银行向承包方支付工程竣工结算价款。承包方在收到竣工结算价款后14天内将竣工工程交付发包方。

通过以上步骤和公式，可以较为准确地计算出工程竣工结算款，确保双方权益得到合理保障。建议在实际操作中，严格按照合同约定和相关法律法规进行结算，以减少纠纷。