工程非法收入的判决结果主要取决于行为性质及严重程度，具体处理如下：
行政处罚
对于非法转包、违法分包建设工程或无资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义签订建设工程施工合同的行为，通常会被认定为违反行政法禁止性规定。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条和《建筑法》第六十七条，法院可以收缴当事人已经取得的非法所得，并可能采取罚款、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等措施。
刑事责任
如果工程非法收入涉及国家工作人员，并且其财产、支出明显超过合法收入，差额巨大且无法说明来源，则可能构成巨额财产来源不明罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百九十五条，差额部分将以非法所得论，处五年以下有期徒刑或拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑，并且财产的差额部分予以追缴。
民事赔偿
对于因非法转包或违法分包工程不符合规定的质量标准造成的损失，承包单位需要与接受转包或分包的单位承担连带赔偿责任。
没收违法所得
无论是违法建设还是转包工程，违法所得都应当被没收。如果违法所得属于受害人，则应归还给受害人。
综上所述，工程非法收入的判决会根据具体违法行为的性质、情节及后果，依法判处相应的行政处罚、刑事责任或民事赔偿。建议相关当事人遵守法律法规，避免违法行为带来的不利后果。
