工程进项税额的抵扣需要遵循以下步骤和规定：

确认抵扣资格

工程款进项税抵扣的前提是工程款属于应税项目，并且进项税属于可以抵扣的范围内。此外，必须保证相应的发票和凭证齐全、真实、合法，并且符合国家税收法规的规定。

取得进项发票

施工企业应取得增值税专票，并在规定的时间内进行认证才能进行进项抵扣。对于2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内向主管国税机关申报抵扣进项税额。

计算抵扣金额

增值税的计算公式为：增值税 = 销项税 - 进项税。销项税通常等于工程结算金额乘以13%，而进项税则是各类成本乘以对应的税率。在取得进项发票后，需要在开票日期的360天内进行认证，并在每月申报增值税时，将进项信息录入系统，由系统自动生成进项信息，检查无误后进行抵扣。

特定情况下的抵扣处理

在建工程进项税额的抵扣需要根据具体情况来确定。例如，如果工程款进项税属于可以抵扣的范围内，则可以按照普通的进项税抵扣方法进行抵扣。在纳税申报时，将该工程款进项税与其他进项税进行合并，计算出应纳税额和可抵扣税额，然后再进行税款结算。

对于适用一般计税方法的试点纳税人，2016年5月1日后取得并在会计制度上按固定资产核算的不动产或者2016年5月1日后取得的不动产在建工程，其进项税额应自取得之日起分2年从销项税额中抵扣，一年抵扣比例为60%，二年抵扣比例为40%。

注意事项

不得抵扣的进项税额包括用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产。

只有查账征收的一般纳税人才能抵扣进项税，小规模纳税人和简易征收的一半纳税人不能抵扣进项税。

综上所述，工程进项税额的抵扣需要确保合规的发票和凭证，严格按照相关税法规定进行认证和申报，并在规定的期限内完成抵扣。在实际操作中，建议咨询专业的税务顾问以确保合规性和准确性。