工程管理公司的收费方式主要有以下几种：

按项目总成本的一定比例收费

收费方式：根据项目的总成本来计算管理费用，通常以百分比的形式体现。

优点：透明度高，激励性强，能够有效地激励项目管理团队更加积极地完成项目，确保项目质量和进度。适用于大型项目，因为项目越大，管理的难度和工作量也越大，收费也相应增加。

缺点：不适用于小型项目，因为对于小型项目，这种收费方式可能会导致管理费用过高。可能导致费用不确定性，如果项目总成本在项目过程中发生变化，管理费用也会相应变化。

按项目阶段性进度收费

收费方式：根据项目的阶段性进度来计算管理费用，项目管理团队在完成每个阶段的工作后，按照预定的收费标准收取费用。

优点：可以根据项目的实际进度灵活调整费用，确保项目管理费用与实际工作量成正比。

缺点：需要详细规划每个阶段的费用，可能导致管理上的复杂性。

按固定费用收费

收费方式：无论项目最终花费多少，管理费用都是一个固定的金额。

优点：费用明确，便于双方进行预算和控制，特别适合小型项目或工作量较为明确的项目。

缺点：缺乏灵活性，可能无法反映项目实际的工作量变化。

按小时收费

收费方式：根据项目管理团队实际投入的工作时间，按小时计算费用。

优点：适用于项目工作量和时间较为明确的情况，可以精确控制费用。

缺点：需要详细记录工作时间，管理成本较高。

综合收费方式

收费方式：结合以上几种方式，根据项目的具体情况和需求，制定综合收费标准。

优点：灵活性高，可以根据项目的不同阶段和需求调整费用，同时保持一定的透明度和激励性。

缺点：需要较为复杂的合同管理和费用控制流程。

建议

对于大型项目，建议采用按项目总成本的一定比例收费，以确保项目管理团队有足够的激励去完成项目。

对于小型项目，可以考虑采用固定费用收费，以控制费用并简化管理流程。

对于工作量和时间较为明确的项目，按小时收费可能更为合适，以确保费用精确控制。

对于复杂或阶段性强的项目，可以采用按阶段性进度收费，以确保每个阶段的费用与实际工作量相匹配。

最终选择哪种收费方式，需要根据项目的具体需求、预算及双方协商来确定。