有缺陷的工程在验收时，需要遵循以下步骤和原则：

自检验收

施工班组首先进行自检验收，确保工程质量符合相关标准和要求。

项目部竣工自验收

项目部提交竣工自检评估报告和工程竣工资料，并进行竣工自验收。自验收过程中应对所有工程细节进行检查，确保无遗漏。

公司抽检验收

公司对项目部提交的竣工自检评估报告和工程竣工资料进行抽检验收。抽检验收按照规定的抽检比例进行，对于不合格项，需按照质量稽查标准进行处理，并将缺陷项整改要求通知到项目。

监理机构的介入

发生工程质量缺陷后，项目监理机构签发监理通知单，责成施工单位进行处理。施工单位需进行质量缺陷调查，分析原因并提出经设计等相关单位认可的处理方案。监理机构审查处理方案并签署意见，施工单位按方案实施处理，监理机构对处理过程进行跟踪检查，并对处理结果进行验收。

不合格项处理

对于质量不合格的工程部分，需进行返修、加固或报废处理。返修处理适用于可以通过整修等措施达到要求质量标准且不影响使用功能或外观的缺陷。加固处理主要针对危及承载力的质量缺陷。报废处理适用于无法通过其他方法满足质量要求或标准的工程部分。

验收程序

工程质量验收应遵循先检验批、分项工程、再分部工程，最后单位工程的程序。各程序中，对检验项目全部检查，结果符合质量标准，则验收合格。分项工程、分部工程和单位工程的验收均需资料齐全，且所含分项工程质量验收全部合格。

验收手段

验收过程中，可以采用目测、手感、敲击和灯光照射等方法进行检查，以确保工程质量符合要求。

记录与归档

所有处理记录需整理归档，以便于后续质量追溯和管理。

通过以上步骤和原则，可以确保有缺陷的工程在验收过程中得到妥善处理，最终达到质量要求。建议在实际操作中，各方应严格按照相关规定和流程进行，以确保工程质量和安全。