在工程中作为甲方赚钱的方式主要有以下几种：

合同价差

甲方可以与施工方在合同中约定价格调整条款，例如目标成本、固定费用或风险补偿等。如果工程的总成本低于合同价值，甲方可以与施工方分享节省下来的成本。

奖励机制

甲方可以制定奖励机制，以激励施工方在工程质量、进度或安全方面取得良好的表现。例如提供奖金或者给予额外的项目延期奖励。

变更订单

如果在工程进行过程中，甲方确定有必要进行变更，如增加工作范围或要求质量提升，甲方可以与施工方协商并签署变更订单，并支付相应的额外费用。

材料和设备采购

甲方可以与施工方共同协商并直接采购部分或全部的材料和设备，这样可以获得更好的采购价格，并从中获取利润。

居间服务

有些人在成功争取到工程项目后，会从工程总金额中抽取一定比例作为回报。他们的工作依赖于人脉关系促成合作，这也是一种专业职业。

工程回扣

在某些情况下，施工队会在预算中提供一定比例的毛利润（管理费），为了获取工程，可能会主动提出给工程单位一定比例的返还，这部分费用通常不用入账。

供货和材料采购

甲方可以通过选择合适的供应商，以赊账的方式获取材料，从而获得信任和影响力，这种方式能够带来一定的利润。

机械设备使用

无论是租赁还是借用机械设备，甲方都可以通过精心规划来降低成本并获取利润。

人工成本

建立与施工队（即劳务承包者）的良好关系，有助于在项目推进中逐步套现人工成本。

交易结构的设计

甲方可以通过设计合法合规的交易结构，确保利润顺利运作。这需要商业智慧、专业知识、法律素养及财税策略。

需要注意的是，这些方式都需要在合法合规的前提下进行，避免涉及任何违法行为。同时，甲方在获取利润的同时，也应考虑到项目的整体质量和进度，确保项目的顺利进行和最终成功。