工程垫资款的处理主要依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》的相关规定。以下是一些关键点：

约定优先

当事人对垫资及其利息有约定的，按照约定返还垫资及其利息。但约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。

当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。

当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，人民法院不予支持。

工程质量

如果建筑工程质量合格，可以参照合同约定的结算工程价款进行结算。

如果建筑工程经竣工验收不合格，分两种情况处理：

可以修复的，修复后经竣工验收合格，应由承包方承担修复费用。

修复后不合格的，将不支付承包人的工程价款。

违约责任

可以在施工合同中约定甲方逾期支付垫资款的，应当向承包方支付违约金。

如果有可能，还可以要求甲方提供垫资担保。

纠纷解决方式

对于垫资施工合同价款纠纷，首先可以由双方自行调解。

调解不成的情况下，可以通过有关部门进行调解或申请仲裁。

仲裁和诉讼也是解决合同纠纷的有效方式。

建议

明确约定：在签订施工合同时，应明确约定垫资款及其利息的计算方式、支付时间等关键条款，以减少后续纠纷。

保留证据：在工程过程中，应妥善保存与垫资款相关的所有文件和通信记录，以备不时之需。

及时沟通：在垫资款支付过程中，双方应保持及时沟通，确保垫资款的支付和工程进度相匹配。

寻求专业帮助：在处理复杂的工程垫资款纠纷时，建议寻求专业律师或法律顾问的帮助，以确保自身权益得到最大程度的保护。

通过以上方式，可以有效地处理工程垫资款问题，减少纠纷，保障各方的合法权益。