工程中扣除水电费的方式主要有以下几种：

乙方负责水电费

乙方负责现场水电挂表计量，电费由乙方自行到供电局缴纳，水费由乙方到自来水公司缴纳。乙方还需承担无功损耗及利率价差所产生的电价差费用。

甲方负责垫付水电费

甲方垫付水电费，并在每次支付给乙方的工程款中进行扣除，或者在结算时一次性扣除。扣除的金额按甲方实际缴纳的额度进行。

甲方未挂表，水电费由甲方负担

甲方不负责乙方应承担的水电费，但在结算时，工程造价中的水电费会直接扣除。这种做法工作量较大，也可能存在地区性的系数规定。

预结算书中详细分析水电费

可以从预结算书中详细分析出水电费，按照定额中所含的水电费扣除。这种方式计算精确，但工作量较大。各地工程造价管理部门通常会有相应的水电费扣除系数规定。

按定额含量或人工费比例扣除

各地有不同的规定，例如土建工程按照直接费的千分之七扣除水电费，其中电费为千分之四，水费为千分之三。安装工程则按照人工费的百分之七点六扣除水电费，其中电费为百分之四点六，水费为百分之三。

施工现场装表计量

如果施工现场施工单位自己装表实算，水电费用由施工单位自行缴纳。如果建设单位供水、电，则施工单位按定额消耗量及价目表价格进行退款或找补差价。

未挂表情况下的处理

如果未进行装表计量，则应在工程结算时据实扣除所有水电费。有些地区规定，未挂表的情况下，按直接费的1%或人工费的百分比扣除水电费。

建议

明确责任方：在工程合同中应明确水电费的责任方，避免后期纠纷。

规范计量：建议施工现场安装水表和电表，以便准确计量和缴纳水电费。

合理利用定额：根据工程类型和当地规定，合理利用定额进行水电费的扣除。

提前协商：在工程开始前，各方应就水电费的扣除方式达成一致，避免在结算时出现争议。