工程多交税款的处理方式如下：

营业税未减除部分的处理

营业税下未减除完毕的部分在营改增后，不得抵减增值税应税销售额，应当向原主管地税机关申请退还营业税。

营改增后多缴增值税款的处理

若最终完工按项目清算后仍出现多缴增值税款：

选择适用简易计税方法计税的，已向建筑服务发生地全额缴纳，应向建筑服务发生地申请退税。

选择适用一般计税方法计税的，应由机构所在地对申报多缴的税款进行退还。

异地工程预缴税款比应交税款多的处理

未申请退税的情况下，可以通过“进项税额抵扣”的形式来抵扣后续的应交税费。

税务机关未及时结清预缴税款的情况下，可以通过“税负分摊”的形式来抵扣，即在应交税费时，将预缴的税费和应交税费按金额比例相分摊，用于抵扣应交税费。

城建税多缴的处理

一般税金多缴不会返还，企业可以在下一期税款中扣除，即在下一期少交，并在税务申报时将上期多缴的部分填在已缴一栏，再将当期不足的部分补齐。

多缴税款的一般处理

纳税人多缴税费，税务机关发现后应当立即退还。

纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现多缴税款的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。

建议

及时申请：纳税人发现多缴税款后，应尽快向税务机关提出退还申请，以便及时获得退税。

保留证据：在申请退税时，应保留好相关的财务记录和文件，以便税务机关核实退税金额。

咨询专业：如有疑问或需要更详细的操作指导，建议咨询专业的税务顾问或税务机关工作人员。