工程款的扣税方式主要依据相关税法和规定，具体如下：
营业税及附加税
营业税：按工程结算款计算缴纳，税率为3%。
城建税：按营业税计算缴纳，税率根据纳税人所在地不同分别为7%、5%或1%。
教育费附加：按营业税计算缴纳，税率为3%。
个人所得税
劳务报酬所得：若发票品名开为“工程款”或“工程服务费”，则按照经营所得缴纳个人所得税，税率约为1.5%。
经营所得：若发票品名带有“劳务费”字样，则按照劳务报酬所得不征税，而是由扣缴义务人预扣预缴，预扣率通常为20%起步，最高可达40%。
个体工商户：若选择设立个体工商户，个人经营所得税按照查账方式征收，税率为5%—35%的五级累进制计算。年应纳税额在200万以下，可享受减半征收政策。
有限公司：有限公司收取工程款，需缴纳增值税、附加税和个人所得税。增值税税率为1%，附加税为增值税的6%，个人所得税按照累进制税率征收。
印花税
建筑安装工程承包合同需要缴纳印花税，按合同承包金额万分之三计算。
建议
选择合适的税务身份：企业或个人应根据自身情况选择合适的税务身份，如个体工商户或有限公司，以便合理利用税收优惠政策。
合理利用税收优惠政策：在园区中设立企业或享受自然人代开政策，可以显著降低个人所得税负。
咨询专业税务人员：由于税法解释和实施可能发生变化，建议在实际操作前咨询专业税务人员，确保合规性和准确性。
