工程款回扣的支付方式可以有以下几种：

现金支付

可以通过与对方协商，确定一个方便接受的支付方式，如现金支付。这种方式较为直接，但需要注意现金交易的合法性和安全性。

个人卡（私人账户）汇款

通过公司财务以个人卡汇款的方式支付给对方，这种方式相对隐蔽，但同样需要注意资金流动的合法性和记录完整性。

合同总价中包含回扣

在签订合同时，可以将回扣部分包含在总工程设备款中，不单独列出，也不在合同中涉及回扣的具体问题。这种方式操作简便，但需要确保双方对回扣金额和方式有明确的共识。

按合同约定的等比率或等额扣款方式分期抵扣

根据工程实际情况，如工期长短和造价高低，可以采取一次性扣回或分期扣回的方式。具体扣款方法和比例应根据合同约定和相关公式确定。

预付款回扣

工程预付款的回扣通常依据工程进度款比例进行扣回，也可选择一次性或分期扣回。操作时需根据工程进度和合同约定计算应扣回的预付款金额，并在支付工程进度款时进行相应的扣除。

提供相关工程信息或促成工程的奖励

对于能直接联系并促成相关工程者，公司可以给予一定比例的回报。对于提供相关工程信息并在公司运作该工程中起积极作用者，公司可视具体情况给予优厚奖励。

无论采取哪种方式，都需要注意以下几点：

合同明确：合同中应明确回扣的条件、方式及时间，确保回扣的公正合理，不损害任何一方的利益。

合法合规：回扣行为必须遵守合同和法律规定，不得采取违法违规的方式。

书面记录：保留书面证据，如合同、付款凭证、沟通记录等，以防潜在纠纷。

建议在实际操作中，选择合适的回扣方式和支付方式，并确保所有操作合法合规，避免因回扣问题引发纠纷。