工程签证款的申请流程一般包括以下几个步骤：

确认签证原因和范围

在发起施工签证前，需要明确签证的原因和范围，这有助于确定签证的合理性和合法性。签证原因可能包括设计变更、施工方法变更、工程量增加等方面，需要根据具体情况进行判断。

准备相关资料

办理施工签证需要准备相关的资料，例如施工合同、施工图纸、施工计划、现场照片、验收记录等。这些资料需要齐全、准确，有助于提高签证的成功率和合理性。

填写签证申请表

在准备齐相关资料后，需要填写签证申请表。申请表需要详细记录签证原因、签证范围、工程量增减等内容，并附上相关资料。填写申请表时需要准确、完整，避免遗漏或虚假信息。

报送签证申请

填写完签证申请表后，需要按照合同约定或相关规定报送签证申请。一般来说，需要先提交给建设单位或监理单位进行审核。报送时需要确保及时、准确，避免影响施工进度和结算。

等待审核和批复

签证申请报送后，需要等待建设单位或监理单位的审核和批复。在此期间，需要及时跟进并了解审核进展情况。如果遇到问题或异议，需要及时沟通和解释，争取签证的成功办理。

执行签证内容

在收到签证批复后，需要按照批复内容执行签证内容。

此外，工程签证款的申请还需要注意以下几点：

按承发包合同约定：

一般由承发包双方就施工过程中涉及合同价款之外的责任事件所作的签认证明。

工程签证申请资料：

包括《工程签证申请表》、《签证指令单》、施工单位上报预算书、项目公司造价部审核后预算书等。

参与部门及职责：

集团工程管理中心：负责审核签证的必要性、真实性，以及质量标准、工期要求。

集团工程技术管理中心：负责审核技术方案的合理性、有效性，以及提供技术参数。

集团招标采购合同管理中心：负责审核甲供材料的价格及甲控乙购材料的定价。

集团造价管理中心：负责详细审核全部工程量及是否严格按照合同规定的计价方式进行套项、计价。

决策层审批：

按权限审批工程进度款的拨付。

建议在实际申请过程中，各方应严格按照规定的流程和要求进行操作，确保签证申请的顺利进行和及时批复。