工程延期付款的赔偿方式主要依据合同约定和相关法律法规。以下是主要的赔偿方式：

合同约定

违约金：工程合同中通常会明确约定逾期付款的违约金计算方法，例如按照工程总额的千分之五按天计算，或者按照超出十日结付工程款，每延期一天，按照工程款总额的0.5%支付违约金。

赔偿金额：如果合同中约定了具体的违约金数额，则按照约定执行。如果合同中没有约定，则可以按照法律规定处理，即按超出十日结付工程款，每延期一天，按照工程款总额的0.5%支付违约金。

法律规定

损失赔偿：根据《民法典》第五百八十四条，如果一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。

违约金调整：如果约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

其他赔偿方式

利息支付：如果合同没有约定违约金，或者违约金不足以弥补损失，可以要求违约方支付拖欠工程款的同期银行同类贷款利息。

实际损失：如果工程延期付款造成了其他实际损失（如机械费用、人工费用、材料周转费用、管理费用等），也可以要求违约方进行赔偿。

建议

明确约定：在签订工程合同时，应明确约定逾期付款的违约金计算方式和数额，以避免后续纠纷。

收集证据：在发生工程延期付款时，应及时收集相关证据，包括合同文本、付款记录、损失证明等，以便在争议解决过程中提供充分证据支持。

协商解决：在确定赔偿金额时，应尽量通过协商达成一致，以减少诉讼成本和时间。

法律途径：如果协商无果，可以通过法律途径解决争议，包括向人民法院或仲裁机构提起诉讼或申请仲裁。

以上内容仅供参考，具体赔偿方式应根据合同条款和实际情况进行确定。