工程企业预缴增值税的流程和规定如下：

异地预缴

对于跨市跨省项目（异地项目），企业应向建筑服务发生地的主管税务机关预缴税款。

需要填报《跨区域涉税事项报告表》，并在首次办理涉税事宜时，向经营地的税务机关报验跨区域涉税事项。

预缴时间是在收到预收款时进行，纳税义务发生时也需要进行预缴。

预缴税款计算公式：

一般计税方法：应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1+9%） × 2%。

简易计税方法：应预缴税款 = （全部价款和价外费用 - 支付的分包款） ÷ （1+3%） × 3%。

预缴会计处理：

一般纳税人采用简易计税：借记“应交税费——简易计税（预缴）”，贷记“银行存款”。

一般纳税人采用一般计税：预缴时，借记“应交税费——预交增值税”，贷记“银行存款”；纳税义务发生时，借记“应交税费——未交增值税”，贷记“应交税费——预交增值税”。

小规模纳税人：借记“应交税费——应交增值税”，贷记“银行存款”。

预收款预缴

纳税人提供建筑服务取得预收款时，应在收到预收款时预缴税款。

异地项目在建筑服务发生地预缴，本地项目在机构所在地预缴。

如果项目所在地与企业机构所在地在同一个地级行政区内，则无需预缴增值税。

预缴流程

合同签订后，办理跨区域涉税事项报告。新电局可以实现自动报验，老电局需要在首次办理预缴申报前人工报验。

收取工程进度款后，次月申报期内，以特定纳税主体身份登录项目地电子税务局，通过增值税及附加税预交申报功能，填报《预缴税款表》，预缴税款并获取完税凭证。机构地报税时在附列资料四实现自动抵减。

如果当月取得的分包款大于收取的工程进度款，仍然需要执行以上步骤，只申报不预缴税款，未扣除完的分包款通过《增值税预缴表》可以向以后月度结转。

特殊情况

如果工程尚未动工，收取的预收款不会发生增值税纳税义务。

小规模纳税人在预缴地实现的月销售额未超过10万元的，当期无需预缴税款。

以上是工程企业预缴增值税的详细流程和规定，企业应根据自身情况选择合适的预缴方式和时间，确保按时足额缴纳税款。