支付工程进度款的记账方法如下：
支付已经办理结算的款项
借：应付账款—应付分包款（扣除代扣税款）
贷：银行存款
支付尚未办理结算的款项
先计入到预付账款进行核算：
借：预付账款
贷：银行存款
待实际结算后，转入到应付账款科目：
借：应付账款
贷：预付账款
支付工程余款
如果之前已经支付了预付款，此时支付余款：
借：预付账款——XX单位
贷：银行存款或支票存根
如果之前没有支付预付款，直接支付余款：
借：在建工程
贷：银行存款
预收工程款时的税务处理
按税法规定预交增值税：
借：应交税金-预交-增值税
贷：银行存款
工程竣工结算时计算应交增值税：
借：营业税金及附加
贷：应交税金-预交-增值税
贷：应交税金-应交-增值税
补缴增值税：
借：应交税金-应交-增值税
贷：银行存款
支付工程款时的会计分录
支付工程款时，相关会计分录：
借：在建工程
贷：银行存款
支付预付款时，相关会计分录：
借：预付账款——XX单位
贷：银行存款或支票存根
根据决算报告转入固定资产：
借：在建工程
贷：在建工程
这些分录方法确保了工程进度款的支付和账务处理的准确性，同时也考虑了税务方面的要求。建议在实际应用中，根据具体的工程进度和财务情况，仔细核对各项款项，确保会计处理的合规性和准确性。
