工程档案丢失后的处理步骤如下：

立即报告丢失情况

向本单位领导和档案管理部门报告丢失情况，并尽快采取补救措施。

内部查找

在本单位内部进行详细查找，包括项目部资料室、资料存放房间等，询问资料员和查看资料借阅登记。

向合作单位索取

如果资料员是合作单位聘请的临时工，且我方管理松懈，可以向合作单位直接索取资料。如果合作单位愿意转交资料，则为最佳方案。

从监理单位获取

向监理单位借阅索取在报验过程中临时留在监理单位的资料。监理单位流动性大，应尽快索取，尤其是短期存放的资料。

从建设单位索取

尽早向建设单位索取资料，可能需要复印加盖公章。在工程质量诉讼时，从建设单位索取资料会更加困难。

到城建档案馆索取

如果以上方法均无法找回资料，可以到城建档案馆办理档案移交手续或重新进行施工和监理。

建立完备的档案系统

防止资料遗失的首要措施是建立一套完备的档案系统，按照事项、类型、年份、阶段等多个维度进行分类和统计，并进行数字化备份。

建立多个备份文件

建立多个备份文件，涵盖所有工程资料，并采取不同的存储设备和存放地点，定期更新备份，确保资料安全性和及时性。

增强员工资料管理意识

对资料管理意识差的员工加强培训，严格遵守操作规程和制定清晰的操作流程。

建立应急处置机制

面对资料遗失等突发事件，建立一套应急处置机制，安排专门人员负责处理，并及时查明原因，采取有效措施予以解决。

合理利用现有资源

在资料遗失的情况下，尽可能收集与施工相关的资料，如设计图纸、施工记录、验收报告等，作为证明施工过程中实际情况的证据。

编写档案补办方案

根据实际情况，制定详细的档案补办方案，包括收集资料的步骤、编写档案的内容等，并按照相关规定进行操作。

补办手续

根据制定的方案进行档案补办，包括向相关部门报告丢失情况、提供证明材料、申请复印或复制等。

防范措施

总结经验教训，完善档案管理制度，防止类似事件再次发生。

通过以上步骤，可以尽可能减少工程档案丢失带来的损失，并确保项目的质量和安全。