公司收取工程款的方式主要可以分为以下几个步骤：

预付款流程

施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员。

预算办根据合同约定审核预付款，签署申请表后交给财务部。

财务部再次复核，并由总经理和董事长审批，最终安排付款。

进度款支付流程

施工单位向工程部提交进度款《工程款支付申请表》，并附上已完工程的预算书。

工程部审核当月完成的项目及相关工程量，并由工程部经理签字后交到预算专员。

预算专员审核已完成工程量及工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定审批工程款，并签字确认。

预算专员将进度款《工程款支付申请表》上交财务部审核。

财务部审核无误后，将申请表交由总经理和董事长审批。

施工单位根据审核通过的申请表中的金额开具当地建安发票，发票内容需与申请表中的工程项目一致。

直接支付至承包人指定账户

发包人将工程款直接支付至承包人的指定账户，包括转账、现金汇款或使用票据。这种方式能有效避免纠纷，且付款或收款的凭证遗失时，可通过银行查询交易记录完成举证。

支付给承包人的有关人员

发包人也会将工程款直接支付给实际施工人，此外，承包人的财务人员、现场负责人或委托授权的其他人也会收取工程款。

支付给特定的第三方

在履行合同过程中，发包人可能需要将部分工程款支付给第三方，承包人对此予以认可或应当认可的，同样具有法律上的效力。

竣工后一次结算

对于工程规模较小、工期较短的工程，可以实行在施工过程中分几次预支，竣工后一次结算的方法。

分段结算

对于当年开工、当年不能竣工的单项工程或单位工程，可以按照工程形象进度，划分不同阶段进行结算。

目标结算方式

将承包工程的内容分解成不同的控制界面，以业主验收控制界面作为支付工程款的前提条件。施工单位需按合同约定的质量标准完成界面内的工程内容，以尽早获得工程价款。

参与破产财产分配

公司破产后，作为债权人，应及时向法院申报债权，包括工程款债权。工程款通常属于普通债权，参与破产财产分配。

行使代位权

如果公司对他人享有债权，且该债权与工程款有关，债权人可以通过行使代位权，向债务人主张权利，要求其直接向自己支付工程款。

确认合同效力

确保与公司签订的工程款合同是合法有效的，合同存在瑕疵可能会影响工程款的追偿。

保留证据

在公司破产前，应妥善保留与工程款相关的证据，如合同、施工记录、验收文件等，这些证据对于主张工程款债权非常重要。

结合以上内容，公司在收取工程款时，应根据具体情况和合同条款选择合适的支付方式，并确保相关手续和证据的完整，以保障公司的合法权益。