合同无效时工程款的计算主要依据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条以及最高人民法院的相关解释。以下是具体的计算方式：
工程验收合格
如果建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
折价补偿款应包括规费和利润，按照验收合格的建设工程的实际价值结算。
工程验收不合格
如果建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格，修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用。
修复后的建设工程经验收仍然不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
合同无效但双方有约定
如果建设工程施工合同无效，但发包人和承包人就工程价款结算签订了协议，可以按照协议内容进行结算。
协议中明确规定了工程价款的计算方式、支付时间、支付方式等具体内容的，双方应当严格按照协议执行结算。
无法确定工程款
如果合同对结算单价有约定的以约定为准，没有约定的，一般以市场价格为鉴定依据。
在合同无法确定工程款或不能确定“合同”为各方真实意思表示时，应通过鉴定确定工程价款。
总结：
合同无效时，工程款的计算主要依据工程是否验收合格及双方是否达成有效协议。验收合格的工程，可以参照合同约定进行折价补偿；验收不合格且修复后仍不合格的工程，发包人有权要求承包人承担修复费用；若合同无效但双方有明确结算协议，则按协议执行。若无法确定工程款，则需通过鉴定确定。
