工程保证金的缴纳方式有以下几种：
保函形式
中标单位在签订合同以前向甲方缴纳安全保函。如果施工过程中出现安全问题，则直接从保函中扣除。
专户缴纳
乙方在工程所在地开设专户，并缴纳一定数量的保证金。甲乙双方共同监管该专户，如果发生违反安全规定的事件，则从专户中扣费。
合同约定
施工方按照招标约定或后期签订的具体合同来缴纳施工安全保证金，缴纳时间和方式在合同中明确约定。
工程质量保证金
工程质保金是合同双方约定从应付合同价款中预留的资金，用于在标的物出现质量问题时支付修理费用。质保金一般为工程总造价的3%，在工程竣工验收合格后一至两年退还。
履约保证金
履约保证金可以由承包商自己提交，也可以由第三方提交，但需得到招标人的认可。履约保证金在工程施工合同签订后交纳，具体交纳方式包括现金支票、银行汇票、银行保函等。
投标保证金
投标保证金在投标过程中交纳，可以采用现金支票、银行汇票、银行保函等形式。投标保证金的具体交纳形式和金额通常在招标文件中规定。
建议
明确缴纳方式：在签订工程合同时，应明确约定保证金的缴纳方式、金额及时间，以避免后期纠纷。
选择合适的缴纳方式：根据工程类型、规模及双方信任程度，选择适合的保证金缴纳方式，如银行保函等，以降低风险。
加强监管：无论采用何种缴纳方式，双方都应加强监管，确保保证金的安全和合规使用。
