当工程师遇到宅基地被抢占的情况时，可以采取以下步骤处理：
协商解决
首先尝试与抢占者进行理性沟通，明确指出其行为的不当之处，并要求其停止抢占并恢复宅基地原状。
如果双方能够就边界划分、历史使用情况等争议点进行有效沟通，可能会达成一个双方都能接受的解决方案。
寻求调解
如果协商无果，可以向当地的村民委员会或乡镇政府的相关部门寻求调解。这些组织通常对当地土地情况和村民关系有深入了解，能够依据当地习俗和政策进行调解，帮助双方达成合理解决方案。
法律途径
如果协商和调解都无法解决问题，被侵权人可以通过法律途径维护自己的权益。首先应收集相关证据，如宅基地的权属证明、对方抢占的证据等。
可以向人民法院提起诉讼，要求法院判令抢占者停止侵权行为、恢复原状、赔偿损失等。在诉讼过程中，提供的证据将起到关键作用。
收集证据
在整个处理过程中，收集和保存相关证据非常重要。证据包括宅基地的权属证明（如宅基证）、抢占行为的视频、照片、证人证言等，这些证据将有助于后续的法律诉讼。
申请仲裁
如果当事人不愿协商或调解，也可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种替代诉讼的方式，可以根据双方达成的仲裁协议进行。
建议：
在处理宅基地纠纷时，建议先尝试协商和调解，因为这些方式成本较低且效率较高。
如果必须通过法律途径解决，应尽早收集证据并咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保护。
