工程支付保函的费用计算方式如下：
支付保函手续费
银行为客户开立支付保函业务时，需要向客户征收每季千分之五的保函手续费，指导价为千分之一每季，最低是500元每季。
履约保函手续费
银行为客户开立履约保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.1%，最低每季度收取500元。
投标保函手续费
银行为客户开立投标保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.05%，最低每季度收取500元。
分期付款与延期付款保函手续费
银行为客户开立分期付款、延期付款保函业务时，均需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.15%，最低每季度收取500元。
关税保函手续费
银行为客户开立关税保函业务时，需要向客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.15%，最低每季度收取500元。
其他保函手续费
预付款保函、工程质量保函与保释金保函手续费分别为：指导价0.1%、0.1%、0.15%，上限都是0.5%，最低收费分别是500元、500元、1000元每季。
建议
选择银行：不同的银行可能有不同的保函手续费标准，企业可以根据自己的情况和银行的优惠政策选择合适的银行。
咨询专业：在办理保函时，建议咨询专业的银行或担保公司，了解详细的费用构成和可能的优惠。
合同条款：在签订工程合同时，应明确保函的具体条款和费用，避免后期出现纠纷。
