处理工程恶意中标的方式主要包括以下几种情形:
民事责任
投标人弄虚作假骗取中标的,中标无效,给招标人造成损失的,依法承担赔偿责任。
行政责任
投标人相互串通投标或与招标人串通投标的,处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。
对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。
有违法所得的,并处没收违法所得。
情节严重的,取消其一年至三年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告,直至由工商行政管理机关吊销营业执照。
刑事责任
投标人相互串通投标报价,损害招标人或者其他投标人利益,情节严重的,处三年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处罚金。
投标人与招标人串通投标,损害国家、集体、公民的合法利益的,依照上述规定处罚。
单位犯本罪的,对单位判处罚金,并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员,依照上述规定处罚。
综上所述,对于工程恶意中标的行为,相关部门会依据法律法规,从民事、行政和刑事三个层面进行严厉处罚,以维护招投标市场的公平、公正和透明。