建筑工程未备案的处理方式主要依据《建设工程质量管理条例》和《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收备案管理办法》等相关法规。以下是具体的处理措施：
责令限期改正并处罚款
建设单位在工程竣工验收合格之日起15日内未办理工程竣工验收备案的，备案机关将责令其限期改正，并处以20万元以上50万元以下的罚款。
重新组织竣工验收
如果发现工程在竣工验收过程中有违反国家有关建设工程质量管理规定的行为，备案机关将责令停止使用，并要求重新组织竣工验收。
确认工程竣工验收无效
对于采用虚假证明文件办理工程竣工验收备案的情况，备案机关可确认工程竣工验收无效，并处以罚款。
合同效力问题
虽然施工合同未备案不会导致合同无效，但未经备案的合同在工程款结算等方面可能会受到影响。
行政处罚的取消
需要注意的是，根据最新的政策，我国已经取消了施工合同的备案制度，因此，施工合同未备案不再受到行政处罚。
建议
及时备案：尽管施工合同备案制度已经取消，但为了避免潜在的法律风险和纠纷，建议建设单位在工程竣工验收合格后及时办理工程竣工验收备案手续。
合同管理：即使合同未备案，建设单位也应严格按照合同约定履行义务，确保工程质量，以减少因合同问题引发的法律风险。
以上信息基于当前法律法规和政策，具体情况可能因实际案件细节而异。建议在实际操作中咨询专业律师或相关部门，以获得最准确的法律指导。
