法院在处理工程款纠纷时，会遵循以下步骤和原则：

当事人申请：

法院处理拖欠工程款纠纷以当事人申请为前置条件。权利人可以向法院提起诉讼，要求判决对方给付应计的工程款。如果被诉方不履行给付义务，权利人可以向法院申请强制执行。

审理与判决：

法院在受理案件后，会进行审理，并根据事实和法律作出判决。判决宣告时公开进行，但是否当庭宣判则视法庭审理情况及结果而定。如果当庭宣判，判决书须在五日内送达当事人及提起公诉的人民检察院。判决书生效后，当事人必须履行判决内容，否则可以申请法院强制执行。

执行程序：

胜诉方在判决生效后，可以向法院申请执行。法院在受理强制执行后，会依法查询债务人名下的财产，包括房产、车辆、证券和存款等，并采取相应的执行措施，如扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。

调解与和解：

在诉讼过程中，法院也会鼓励当事人通过调解或和解的方式解决纠纷。调解达成协议的，法院会制作调解书，双方当事人签收后生效。如果调解无效，法院应及时作出判决。在一些情况下，法院还会加大调解力度，力求一次性解决双方矛盾。

法律适用：

法院在处理工程款纠纷时，会严格依照《中华人民共和国民事诉讼法》及相关法律法规进行。调解协议的内容必须符合法律规定，既符合程序规定，也符合实体法的规定。

移送管辖：

在某些情况下，如果建设工程合同仅作为诉争三方协议的背景合同，且乙公司不是该建设工程施工合同的主体，法院可能会裁定将案件移送至有管辖权的法院处理。

综上所述，法院在处理工程款纠纷时，会综合考虑案件的具体情况，采取适当的审理和执行措施，确保当事人的合法权益得到保护，同时维护法律的权威和社会的公平正义。建议当事人在遇到工程款纠纷时，及时咨询专业律师，通过合法途径解决争议。