签订工程项目合同是一个复杂的过程，需要遵循一定的流程和原则。以下是一个详细的签订流程：

签约准备阶段

项目情况分析：对工程项目进行全面了解，包括项目背景、目的、实施计划、预算、合同条款等，以确保合同条款的准确性和完整性。

法律法规研究：研究相关的法律法规，确保合同条款符合法律要求，包括项目所在地的法律法规、相关政策以及行业规定等。

资质调查：对合作方进行资质调查，包括企业营业执照、税务登记证、法定代表人身份证明、授权委托书、特种行业生产经营许可证书、施工资质等级证书等，以确定其履约能力。

谈判与协商阶段

合同条款起草：根据工程技术方案或工程图纸，概算工程量和工程造价，列出所属工程造价的类别，并起草合同文本，包括合同双方的基本信息、项目概况、合同条款、违约责任、争议解决方式等内容。

审核与修改：对合同文本进行审核和修改，确保其准确性和完整性，检查合同格式是否符合规范要求，用词是否清晰、准确、具体。

签署合同：在合同审核和修改完毕后，组织双方进行合同签署，记录签署的时间、地点、双方代表等信息，并加盖双方公章或签字确认。

合同履行与变更阶段

合同履行：合同履行过程中，应按照合同条款全面履行各自的义务，如遇特殊情况需要变更合同条款，双方应协商一致，签订书面变更协议。

合同验收：合同约定内容到货、竣工后三天内，合同承办部门应通知相关部门对合同项下的工程或工程进行验收，并填报《工程竣工验收单》和《结算报告书》。

合同结算：合同履行完毕后，进行财务结算，填报相关表格并经过总经理审查签署意见。

特殊合同处理

特殊合同：经总经理特批的特殊合同可以简化上述手续，但需确保合同内容和执行符合公司利益和法律法规要求。

支付与报销

支付原则：5000元以上的支付原则上必须签订合同，否则财务部门拒绝报销支付。

通过以上流程，可以确保工程项目合同的签订过程规范、合法、有效，从而保障公司的合法权益和项目的顺利实施。建议在实际操作中，各相关部门应严格按照流程执行，并在遇到问题时及时沟通协调，确保合同签订和履行的顺利进行。