工程公司分公司经营的关键在于 明确治理模式、业务治理、经济治理，并强化企业文化、管理制度、目标计划、教育培训和自主创新。以下是具体经营策略：

治理模式

总公司对分公司：实行经理负责制，分公司经理独立向总部负责，拥有分公司全部成员的管理权。

分公司对工程部：实行工程经理负责制，工程经理与分公司签订承包协议，明确双方权利和义务。

业务治理

在总公司的统一领导下，严格按照国家法律、法规及公司的各项治理制度开展业务。

分公司承担承包期间发生的全部经营成本，自行组织队伍进行招投标工程，并以总公司的名义参与投标。

分公司必须自己组织编制投标文件，并以总公司的名义签订合同，不得私自以分公司名义签订合同。

经济治理

总公司授权分公司管理其资产，分公司通过经营资产实现利润，总公司在财年预算前向分公司协调确定利润目标。

分公司需自行筹集资金开展全部经营活动，实行独立核算、自负盈亏，承担全部经济责任，包括员工工资、福利、采购、税收、日常管理及证件有偿使用等成本支出。

企业文化与管理制度

建立统一的企业文化，增强员工凝聚力和向心力，将总公司企业文化贯穿到每一个分公司的工作中。

进一步建立统一的管理制度，贯彻执行总公司的所有政策和规章制度，完善各项制度建设。

建立容易理解和实施的目标计划，实施科学高效的管理方法，明确员工职责和目标。

教育培训与发展

全面开展教育培训，提高员工工作素质，增强工作成就感和发展激情，提供不同层次的职业发展和晋升机会。

风险管理与合法合规

分公司负责人需要具有优质人脉资源、无不良行为记录，并提供相应的担保。

分公司必须在总公司授权范围内进行经营活动，不能单独修改公司章程或改变经营范围。

严格遵守财务税务法规，合理节税，但不能偷税漏税，确保分公司稳健健康发展。

项目管理

明确责任分工，建立高效沟通机制，运用项目管理工具，定期监控进度，优化资源配置。

通过以上策略，工程公司分公司可以在合法合规的基础上，高效运营，实现业务拓展和持续发展。