工程审计扣工资的方式主要涉及审计费用的计算和支付方式。以下是具体的计算方法和支付方式：

基本审计费

计算方式：按单项工程总投资额计取，不管有无审减（增）额都需计取。

说明：这是保底的审计费用，通常由投资方承担。

审减（增）额审计费

计算方式：按审减（增）额减去允许额的余额计取。

示例：

工程投资额为100万，审计结果审减额为8万，其中允许差额为5万，审减余额为3万。

审计额费率商定为6%，则审计费用计算为：100万 × 6% + 3万 × 5% = 0.6万 + 0.15万 = 0.75万。

说明：审减（增）余额审计费由编制方承担。

工程审计收费标准

初步设计或施工图设计：按照行业划分设计工作量各占的比例并乘以1.1的系数计算收费。如果增加编制施工图预算，按工程设计收费标准乘以1.1系数计算收费。

标准设计和复用设计：按同类新设计项目的20%收费。

技术服务工作：进行工程技术咨询服务、参加规划调查、询价、报价、对外谈判等技术服务工作，以及没有制订具体收费标准的工作，可采用按直接生产人员工日计算收费的办法，收费标准为每工日85元。工日的计算可执行工日定额或由设计方和委托方在签订合同时协商确定。

差旅费：需要到外埠出差，工期在六十天以内的任务，其差旅费由委托单位负担。工程设计单位由于所承担任务的需要而出国时，除制装费由设计单位支付外，其他出国费用（包括外汇额度）均应由委托单位支付。

这些规定确保了工程审计费用的合理计算和支付，同时也明确了各方的责任和义务。通过这种方式，工程审计能够有效地控制成本并确保审计工作的顺利进行。