如果工程审计结果出现错误，可以采取以下步骤进行处理：

审查合同条款

承包人应首先审查与发包人签订的施工合同中关于审计和结算的条款，确认合同中是否有关于审计结果异议处理的明确约定。

特别注意合同中是否有关于“财评审计”的条款，因为这是审计结果异议处理的关键依据。

收集并保存证据

承包人需要收集并保存与工程实际完成情况相关的所有证据，包括但不限于工程量清单、材料采购凭证、施工日志、变更订单、现场照片和视频等。

这些证据将用于证明审计结果与实际工程不符，为后续的异议提出提供支持。

提出异议

根据合同约定和相关法律规定，承包人可以向审计部门提出书面异议，详细说明审计结果中存在的问题，并提供相应的证据支持。

承包人应确保在法定期限内提出异议，以避免错过法律救济的机会。

协商解决

在提出异议后，承包人可以尝试与发包人或审计部门进行协商，寻求对审计结果的修正或重新审计。

协商解决问题可以节省时间和成本，是首选的解决方式。

申请鉴定

如果审计部门未在合理期限内进行审计或出具审计报告，或者审计结论明显不当，承包人有权申请司法鉴定。

通过司法鉴定可以确定工程的实际造价，为工程款的支付提供依据。

民事诉讼

如果审计结果直接影响到工程款的支付，承包人可以通过民事诉讼的方式，要求法院判决按照实际工程量和成本进行结算。

在合同中未明确约定以审计结果作为最终结算依据的情况下，民事诉讼是维护承包人权益的有效途径。

通知相关单位整改

在工程审计过程中，若发现错误或不当之处，应立即通知相关责任单位或个人，并要求其进行整改。

详细记录错误内容、发生原因、责任单位或个人等信息，以备后续跟进和追责。

加强内部管理和制度建设

承包人应加强内部管理和制度建设，完善审计程序和流程，确保审计工作的准确性和公正性。

通过培训和教育提高审计人员的业务素质和职业道德水平，以更好地履行职责。

建立审计结果反馈机制

及时将审计结果和整改情况向相关部门和领导汇报，促进问题的及时解决和改进。

法律途径

如果对审计决定不服，可以向出具审计决定的审计机关的同级人民政府或其上级审计机关提起复议。

也可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，甚至提请本级人民政府裁决，本级人民政府的裁决为最终决定。

在处理工程审计错误时，承包人应咨询专业律师，以确保合法合规地维护自己的权益，并密切关注时效问题，确保在法定期限内采取相应的法律行动。