工程结算中水电费的扣除方式主要有以下几种：

乙方负责水电费

乙方负责现场水电挂表计量，电费由乙方自行到供电局缴纳，水费由乙方到自来水公司缴纳。乙方还需承担无功损耗及利率价差所产生的电价差费用。

甲方负责垫付水电费

甲方垫付水电费，并在每次支付给乙方的工程款中进行扣除，或者在结算时一次性扣除。扣除的金额按甲方实际缴纳的额度计算。

甲方未挂表，水电费由甲方负担

甲方不负责乙方应承担的水电费，而是在结算时将工程造价中的水电费直接扣除。这种做法工作量较大，或者可以根据当地规定按系数扣除。

按预结算书中详细分析水电费

可以从预结算书中详细分析水电费，按照定额中所含的水电费扣除，这样计算比较精确，但工作量较大。各地工程造价管理部门通常会有相关系数规定。

按定额比例扣除水电费

各地工程造价管理部门对水电费的扣除有系数规定，例如土建工程按照直接费的千分之七扣除水电费，其中电费为千分之四，水费为千分之三。安装工程按照人工费的百分之七点六扣除水电费，其中电费为百分之四点六，水费为百分之三。

挂表计量，按表计量退还

施工单位安装水、电表，交施工单位保管和使用，施工单位按表计量，按相应单价计算后退还建设单位。这种方式在定额中未规定水电费的比例。

建设单位代缴水电费

建设单位供水、电时，定额含量以内的，施工单位按定额消耗量及价目表价格进行退款，定额含量以外的，施工单位应按水、电表用量及实际单价退给建设单位。

建议

明确责任：在工程合同中应明确水电费的承担方，避免后期结算纠纷。

精确计量：尽可能采用挂表计量的方式，确保水电用量的准确性。

合理利用系数：根据当地工程造价管理部门的规定，合理利用系数简化计算过程。

保留凭证：在结算过程中，应收集并保存水电费的原始凭证，确保扣除的合理性。

通过以上方式，可以确保工程结算中水电费的扣除既合理又准确。