工程发票开票后的做账方法如下：

开工程增值税发票

借记银行存款或应收账款，表示收到客户支付的款项，入账时记录在银行存款账户或应收账款账户中。

贷记主营业务收入，表示销售商品或提供服务所获得的款项收入，相关的发票金额应在主营业务收入账户中计入。

应交税费-应交增值税（销项税额），这是企业收到工程款所要支付的税费，应该计入应交增值税账户中。

收到工程款

借记银行存款，表示收到客户支付的工程款项。

贷记预收账款-工程，因为在开展工程业务时，客户有可能会在工程开始之前支付部分工程款项作为预付款。

工程完成时或可按百分比确认收入

借记预收账款，企业在接受客户的工程预付款时，需要记录这部分款项是预收款。

根据工程的完成进度或按百分比确认收入，并相应结转成本。

开具销售发票时的会计分录

借：主营业务收入

应交税费-应交增值税（销项税额）

贷：银行存款等。

收到工程进度款

借：银行存款

贷：其他应收款——工程款。

工程完工后的会计处理

根据决算文件，扣除以前年度确认的收入和成本，来确认当期收入和成本。

计算各期应交纳的税金及附加，如营业税、城建税、教育费附加等。

合同成本的处理

借：工程施工——合同成本

贷：应付职工薪酬/库存商品等。

已结算工程价款的会计分录

借：应收账款

贷：工程结算。

确认收入、费用和毛利的会计分录

借：工程施工——合同毛利

主营业务成本

贷：主营业务收入。

通过以上步骤，企业可以正确地进行工程发票开票后的账务处理，确保财务报表的准确性和合规性。建议在实际操作中，根据具体业务情况和最新的会计准则进行调整，并咨询专业的会计师或税务顾问以确保合规性。