如果工程合同存在不规范的问题，可以采取以下措施进行处理：
协商完善
当事人可以与对方进行协商，对合同中的不完善或不合理条款进行补充或修改，以使合同符合法律规定和双方的利益。
签订补充合同
如果双方同意，可以通过签订补充合同的方式对原合同中的不足进行补充和完善。
法律途径
如果对方拒绝修订不合理条款，当事人可以在签订合同一年内，通过法律途径向法院提起诉讼，要求撤销显失公平的条款。
根据《中华人民共和国民法典》第一百五十一条，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
合同无效或可撤销
如果合同内容不合理，违反了法律的强制性规定或损害了社会公共利益，合同可能会被认定为无效，甚至受到法律制裁。
规范合同管理
应当加强合同管理，规范合同管理流程，对不规范合同进行有效识别、评估和处置，确保项目顺利推进。
明确条款
对于合同中不明确的质量要求、价款或报酬等，应当参照国家标准、行业标准或合同目的的特定标准进行明确。
解决纠纷
发生合同纠纷时，应当选择合适的方式解决问题，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
通过以上措施，可以有效处理工程合同中的不规范问题，保障合同双方的合法权益，促进项目的顺利进行。
