工程总包亏本可以通过以下步骤进行处理：

查明亏损原因

仔细审查承包合同及相关施工合同，明确亏损的责任方。亏损可能是由于承包人的责任、发包人的责任，或者是实际施工人的责任。

协商解决

首先尝试与发包方进行协商，看是否能够通过协商的方式解决亏损问题。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决。

收集证据

在采取法律行动之前，务必收集好所有相关的证据和材料，包括合同文本、施工记录、财务记录、通讯记录等，以便在法庭上有充分的证据支持自己的主张。

法律途径

如果协商失败，可以通过法律途径解决。可以向人民法院提起诉讼，要求责任方承担相应的赔偿责任。

在诉讼过程中，需要依据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规，明确诉讼请求和证据，按照法律程序进行。

申请仲裁

如果合同中有仲裁条款，可以根据合同约定向仲裁机构申请仲裁。仲裁结果具有法律效力，可以直接执行。

申请支付令

如果用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，要求用人单位支付拖欠的工资等。

申请补助

如果工程亏本，可以向发包方申请补助。可以写一份补助申请书，详细说明亏本的原因、金额及申请补助的理由。

财务审查

对工程进行全面的财务审查，明确亏损的具体原因及程度，以便在与发包方协商或诉讼时有充分的依据。

其他补救措施

在解决亏损问题的同时，可以考虑采取其他补救措施，如寻找新的合作伙伴、调整经营策略等，以减轻损失并恢复项目运营。

通过以上步骤，可以有效地处理工程总包亏本的问题，并尽可能减少损失。建议在处理过程中保持冷静，合理运用法律手段，争取最大的利益。