没有发票的工程款处理方式如下：

寻找替代证明

合同和协议：如果与供应商或承包商签订了合同或协议，合同中的条款可以作为成本支出的证明。

付款凭证：如果有付款凭证，如银行转账记录、支票等，可以作为成本支出的证明。

购买订单：购买原材料或服务时产生的购买订单也可以作为成本支出的证明。

验收单：如果材料或服务经过验收，验收单可以作为成本支出的证明。

其他证明文件：根据具体情况，可能还需要其他相关的证明文件，如服务完成证明、质量认证等。

建立内部审查流程

审查和确认：确保所有成本支出都能够得到有效的证明和记录。这可能包括要求项目负责人、采购部门等提供相应的支出证明，以便在发生财务审计时能够提供充分的支持。

与供应商和承包商合作

协商：与供应商和承包商建立良好的合作关系，协商要求他们提供正式的发票和凭证。

合同条款：在合同中明确约定发票提供的时间和方式，确保双方对发票的提供有明确的预期和依据。

遵循税务规定

税务咨询：如果遇到无法提供成本发票的情况，可以咨询专业税务顾问，了解如何按照税法规定处理这些情况。

合规申报：确保在没有发票的情况下，企业仍然能够合规地进行税务申报。

诉讼或仲裁

直接起诉：如果协商无果，工程欠款纠纷可以直接起诉。

证据准备：确保有充分的证据资料支持诉讼请求，包括合同、付款凭证、验收单等。

挂账处理

挂账协议：与供应商或承包商协商，确保双方都同意将款项挂账，并在合同或协议中明确挂账条款。

财务报表：将挂账金额记录在公司的财务报表中，明确注明该款项是未开票的工程款。

暂估入账

会计处理：在没有发票的情况下，可以按实际发生的成本进行暂估入账，待发票取得后再进行正式入账。

税务处理：根据相关税法规定，暂估入账的成本可能需要在税务申报时进行调整。

其他解决方案

税收优惠园区：在税收优惠园区成立个体户或个人独资企业，通过个体户或企业名义来接项目，享受核定征收政策，从而减轻税负。

自然人代开：通过自然人代开发票，综合税率较低，适用于无法提供发票的情况。

建议根据具体情况选择合适的处理方式，并在必要时咨询专业税务顾问或律师，以确保合规性和企业的利益。