当工程成本发票不足时，企业可以采取以下措施来解决问题：

使用灵活用工平台

通过平台核验业务真实性后，让平台帮助开具正规发票。品为企服等灵活用工服务平台能够提供包括开具发票在内的全面服务，帮助企业合法合规地完成支付佣金的流程，并改善税务管理和控制成本。

注册个体户享受核定征收

在主体公司和供应商之间成立一个个体户，通过个体户来获取成本发票，并将税负压力转移到新办企业上。个体户可以申请核定征收政策，综合税率较低，例如某建筑公司通过注册材料经营部开票300万施工费，综合税率仅2.7%。

自然人委托代开

对于从个人采购的商品或服务，企业可以通过税收优惠园区内的自然人代开发票，综合税负率在2.8%左右。这种方式不需要成立企业，只需凭借自然人的身份信息、合同和地方产业园区提供的相关资料进行代开。

与供应商协商补开发票

企业应积极与供应商沟通，寻求补开发票的可能性，并明确合同规定发票开具的时间和要求。对于不愿意开具发票的供应商，可以考虑更换供应商或通过法律手段要求对方履行义务。

优化内部流程

建立健全的采购和财务管理制度，确保采购人员在采购时及时索取发票，并将发票信息准确传递给财务部门。同时，避免通过非法手段规避税收，所有交易尽量通过银行转账等正规渠道进行。

利用税收优惠政策

了解并利用当地的税收优惠政策，如通过地方税务机关进行自然人委托代征，享受地方的税收扶持补贴。例如，在税收优惠园区成立个体户或公司，可以享受园区特有的税收优惠政策，如个税核定征收率1%，实际可减半征收。

业务分包

对于服务行业等成本较低但利润较高的企业，可以通过合理的业务分包来增加成本费用，从而解决成本发票不足的问题。

加强供应商管理

选择信誉良好、能按时提供发票的供应商，减少因供应商问题导致的成本发票缺失。同时，定期审核供应商的发票开具情况，确保及时获取成本票。

合理利用临时工等人力资源

对于临时用工，企业可以通过公户发放工资并申报个税，将这部分支出作为公司成本，规范用工行为，降低风险。

准备资料并选择开具地点

根据银行或税务局的要求，准备必要的资料和信息，如交易凭证、发票副本、经办人身份证明等，并向银行或税务局提交申请开具成本票。

通过以上措施，企业可以有效解决工程成本发票不足的问题，确保财务和税务的合规性，并降低税负压力。