当工程停工且施工单位没有收到应得的工程款时，可以采取以下步骤来寻求赔偿：

协商解决

施工单位首先可以与建设单位进行协商，探讨工程款支付的问题。如果双方能够达成一致，则按照协商结果进行赔偿和支付。

法律途径

如果协商无果，施工单位可以准备相关证据和诉讼材料，向法院提起诉讼，追索未支付的工程款。在诉讼过程中，施工单位需要依据《中华人民共和国民法典》第五百七十九条、第五百八十三条、第五百八十四条、第八百零三条、第八百零四条等相关条款，证明自己的权益受到侵害，并请求法院作出判决。

申请强制执行

在获得法院判决后，如果建设单位在履行期未履行支付义务，施工单位可以申请法院强制执行，通过法律手段确保自己的权益得到实际保障。

减损义务

根据《中华人民共和国民法典》第八百零七条，承包人负有减损义务，应当及时将停工事宜告知相关各方，并采取适当措施防止损失扩大。如果承包人未采取适当措施导致损失扩大，那么扩大的损失部分应由其自行承担。

索赔费用

在索赔过程中，施工单位可以依据《中华人民共和国民法典》第八百零三条至第八百零五条的规定，要求赔偿因停工造成的各项损失，包括人工费、设备费、材料费、机械闲置费、管理费等。

证据收集

施工单位在索赔过程中，需要收集充分的证据，包括合同文本、停工通知、损失清单、支付记录、协商记录等，以证明自己的索赔请求合理且有充分依据。

通过以上步骤，施工单位可以依法维护自己的权益，确保在工程停工情况下得到应有的赔偿。