在巴中地区处理工程款纠纷的赔付问题，可以采取以下几种方式：

协商方式

承包单位应主动与建设单位沟通，了解拖欠原因，制定相应的对策。

由主管领导、承包当事人及财务、计划人员组成谈判小组，与建设单位在平等自愿的基础上协商，确定还款方案或签订还款合同。

调解方式

除协商外，承包单位还可以请求有关部门，尤其是政府主管部门进行调解。

对于因施工中产生的纠纷而造成的工程款拖欠，更应请政府主管部门、承担担保单位及劳动仲裁机构等进行调解、仲裁。

法律方式

仲裁：就工程款拖欠具体事项到仲裁机关，请求仲裁。

诉讼：向法院提起民事诉讼，要求返还工程款。胜诉后，如果对方在履行期未履行法院判决，可以申请法院强制执行。

经济方式

对于一些拖欠较久、清欠较难的款项，可以采取相应的经济方式清欠工程款。

政府调处

政府部门可以调处工程款的支付问题，但对拖欠工程款的问题没有裁判权，强制权。如果是政府工程，可以向建设该工程的政府要求支付或者处理。

催收方式

通过电话和函件催收。

亲自到对方公司上门催收。

委托律师代为催收。

诉讼时效

工程款纠纷的诉讼时效是3年，注意在诉讼时效内主张权利，以防丧失胜诉权。

证据准备

起诉前准备好起诉状，原、被告的身份信息或者工商登记信息，施工的证据、尚欠多少工程款等证实自己主张的证据。

建议在选择处理方式时，先尝试通过协商或调解解决，如果这些方法都无法解决问题，再考虑通过法律途径，包括仲裁或诉讼。在整个过程中，确保保留好所有相关证据，以便在需要时能够提供有力的支持。