处理工程单位员工之间的矛盾，可以采取以下措施：
平等协商
首先应通过平等互利、协商一致的原则进行协商，这是解决纠纷的基础和首选方式。
利用沟通渠道
建立有效的沟通渠道，如定期团队会议、座谈会或使用即时通讯工具，以加强信息传递和快速沟通，减少误解和冲突。
设立纠纷解决机制
可以设立纠纷调解小组或专门工作组，由熟悉施工工艺和法律法规的人员组成，对纠纷进行调查、调解和裁决，确保争议得到公正解决。
尊重工作环境
建立相互尊重的工作环境，制定相关的行为准则和规范，明确员工的权利和责任，促进员工之间的互相尊重和理解。
制定奖惩机制
制定合理的奖惩机制，激励施工人员的积极性，并减少纠纷的发生。
寻求专业帮助
如果矛盾无法通过协商和调解解决，可以寻求专业帮助，如人力资源部门或外部咨询师的帮助，他们可以提供更全面和专业的解决方案。
法律途径
根据《仲裁法》、《民事诉讼法》和《民法典》等相关法律法规，当事人可以通过和解、调解、仲裁或诉讼等途径解决纠纷，维护自己的合法权益。
及时报警处理
对于涉及打架斗殴等严重行为，公司应立即报警，并交由公安机关依法处理，避免事态扩大。
通过以上措施，可以有效地处理工程单位员工之间的矛盾，维护良好的工作环境和秩序。
