工程结算审计的主要内容包括以下几个方面：
中间结算的审核
检查工程形象进度的工程量，确保施工产值和预算成本的正确性、真实性和一致性。
核实本期应结工程价款净值是否与本期实际完成的施工产值或结算价值相符，并扣除预收工程款、抵扣备料款、甲方材料款以及其他应扣款后的余额。
竣工结算的审查
审查竣工质量验收和竣工决算的合规性。
确认未完部分尾工预提费用的合理性。
检查双方经济往来是否清楚，有无违反结算纪律行为。
编制依据的审核
审核工程竣工报告、竣工图及竣工验收单等编制依据是否符合国家有关规定，资料是否齐全，手续是否完备，对遗留问题处理是否合规。
工程量的审核
核定施工工程量，重点审核投资比例较大的分项工程，如基础工程、混凝土钢筋混凝土工程、钢结构等。
审查工程量计算表，对照图纸尺寸进行计算，或依据图纸重新编制工程量计算表进行审计。
采用合理的审核方法，如全面审核法、重点审核法、对比审核法、分组计算审核法、筛选法等，确保工程量计算准确无误。
相关定额执行情况的审查
审查定额单价的套用，包括工程预结算书中所列各分项单价是否与定额相符，名称、规格、计量单位和所包括的工作内容是否一致。
审查定额单价的换算，审核换算是否正确，是否符合定额规定的换算条件。
审查补充定额及单位估价表的编制是否符合编制原则，有无相关部门批复。
取费标准的审核
审核工程造价中除定额直接费以外的其他直接费、现场经费、间接费、利润、税金等费用的计取是否符合相关法律法规的规定。
资料的审核
审查提供的资料是否完整、真实、可靠，包括完整的施工图、竣工图，招标文件、投标文件、施工合同和补充协议，图纸会审记录、施工组织设计、会议纪要，业主指定或自供的设备、材料型号、品牌，设计变更单、工程联系单及现场签证单，地基验槽记录、工程隐蔽记录、施工日志，桩基检测报告与验收记录，竣工验收报告等。
合同审核
仔细研究合同、协议、招投标文件，确定工程价款的结算方式，包括总价合同、单价合同和成本加酬金合同及其调价条款。
审查合同履行情况，确保变更手续的完整性，以及变更所产生的费用计算合理。
通过以上内容的审计，可以确保工程结算的准确性和合规性，有效控制工程造价，保障项目目标管理的最终实现。
