工程单位应该考取的证书主要分为两大类：

注册类证书

一级建造师和 二级建造师：由人事部与建设部发证，是担任工程项目经理的前提条件，在建筑行业中具有极高的认可度。

注册造价工程师：分为一级造价工程师和二级造价工程师，由住房城乡建设部、交通运输部、水利部、人力资源社会保障部联合负责。一级造价工程师负责更为复杂的工程造价工作，而二级造价工程师则由各省、自治区、直辖市的相关行政主管部门负责注册及相关工作。

注册消防工程师：由公安部（后改为应急管理部）与人事部发证，主要负责消防安全评估、消防设施维护等工作，是消防行业的核心证书。

注册监理工程师：由建设部、交通部、水利部三部委负责，主要负责工程项目的监理工作。

注册土木工程师：分为岩土专业、水利水电专业、港口航道专业，涉及各类土木工程的规划、设计、施工等。

注册电气工程师：分为供配电专业和发输变电专业，主要负责电气工程的设计、施工、维护等工作。

注册公用设备工程师：分为暖通空调、给水排水、动力三个专业，负责公用设备的系统设计、安装、运行等工作。

注册建筑师：分为一级和二级建筑师，负责建筑设计、施工、监理等相关工作。

职称类证书

助理工程师、 工程师、 高级工程师：这些职称证书是通过地方企业向各省市的人事局、职改办等部门评审，或由具有独立评审权的大型企业如央企中建、中核等颁发，用于证明个人在工程领域的专业能力和经验。

此外，对于施工单位，通常还需要考取以下证书：

建造师证：一级和二级建造师都是施工单位必备的核心人才证书。

安全生产考核合格证：证明个人具备从事安全生产管理工作的资格。

质量员证书、 施工员证书、 资料员证书等：这些证书有助于在施工单位中从事具体的技术和质量管理工作。

综上所述，工程单位应该根据自身的业务需求和职业规划，考取相应的注册类证书和职称类证书，以提升个人在行业中的竞争力和专业水平。