工程总是亏的原因可以归纳为以下几点：

无成本控制目标或未严格执行

绝大部分亏损的项目部没有成本控制的总目标，或者虽有目标但未严格执行，导致成本失控。例如，某项目部在工程竣工时，除了固定费用外，所有可变费用均出现超支，其中材料和配件的实际成本比测算成本高出50%以上。

材料、构配件制度不全

超额采购：亏损项目部中，材料采购往往无计划，采购数量随意，导致材料积压和超支。

人为操纵价格：材料采购阶段价格偏高，部分材料质量不达标，增加了工程成本。

预算不准或不重视预算

预算做的不准，存在较多疏漏，导致项目未开始就已亏损。例如，预算利润15%，但甲方要求下浮5%签合同，公司管理费又拿走了四个点，最终只剩下6个点的利润。

忽视隐形成本

很多项目在实施过程中忽略了隐形成本，如居间费、窝工、停工、返工、二次搬运费等，这些都会增加项目成本。

材料和人工价格走势判断失误

对材料和人工价格走势判断不准确，导致在项目实施过程中成本增加。例如，合同中约定了综合单价不调价，但实际材料价格上涨，项目因此陷入亏损。

施工组织设计不合理

投标与施工现场实际存在差异，施工组织设计存在不合理现象，如人员、材料、设备计划和安排出现误差，导致成本费用增加。

管理混乱和内部矛盾

资源配置不合理，管理混乱，内部瓦解，相互猜忌，精力都放在内耗上，导致项目亏损。

政策和总包方原因

政策和总包方的原因导致工期拖延，费用大幅增加。例如，政府政策调整导致工期延长或成本增加，总包方决策失误也对项目产生不利影响。

安全事故

项目出现安全事故，需要支付高额赔偿，增加额外支出。

关系不到位

不重视处理与各方的关系，导致进度不顺畅，最终收不到钱，造成亏损。

综上所述，工程亏损的原因多种多样，既包括客观环境的影响，也包括管理层自身的主观原因。要避免工程亏损，项目部需要建立完善的成本控制体系，合理采购材料，准确判断材料和人工价格走势，合理安排施工组织，强化管理，处理好与各方的关系，并注意收集资料和证据，做好索赔准备。