工程款在结算时需要缴纳的税种包括以下几种:

个人所得税:

工程结算款的1%。

印花税:

工程结算款的0.3‰。

营业税:

工程结算款的3%。

城建税:

根据营业税的金额计算,税率根据纳税人所在地的不同分别为1%、5%或7%。

教育费附加:

根据营业税的金额计算,税率为3%。

地方教育费附加:

根据营业税的金额计算,税率为2%。

水利建设基金:

根据收入的一定比例计提和交纳,具体比例根据地方规定而定。

此外,如果是增值税一般纳税人,还需要缴纳增值税,并根据增值税额计算缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育费附加。企业所得税则需要按季度预交申报,年底汇算清缴,税率为25%。

综上所述,工程款的税务处理涉及个人所得税、印花税、营业税及其附加税费,以及根据企业类型不同还需缴纳的增值税和企业所得税。具体税率和计算方法应根据相关税法规定和地方政策进行。

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