阿里巴巴的工程师使用的系统主要包括以下几种：

Linux操作系统

阿里云操作系统（Alicloud OS）：这是阿里巴巴自主研发的一款云服务器操作系统，基于Linux内核进行开发，针对云计算环境做了优化。

CentOS：基于Red Hat Enterprise Linux（RHEL）的开源操作系统，兼容性好，稳定可靠。

Ubuntu：一种基于Debian的开源Linux操作系统，易于使用和维护，广泛应用于云计算和容器技术领域。

Aliyun Linux（简称AliyunOS）：阿里云自研的Linux发行版，专为阿里云环境优化，具有高性能和高可靠性。

Windows操作系统

Windows Server 2012 R2：微软推出的一种稳定可靠的服务器操作系统，具有较高的兼容性和安全性。

Windows Server 2016：微软推出的另一款服务器操作系统，同样具有较高的兼容性和安全性。

自主开发的分布式系统

阿里巴巴在系统编程方面也大量使用了自主开发的分布式系统，这些系统可能涉及底层服务、数据存储和处理等方面。

编程框架和工具

P3C编码规约：阿里巴巴内部推广和实施的一套编码规约，帮助开发人员规范代码，提高代码质量。

Dubbo开发框架：基于Java的高性能、分布式的服务框架，提供服务注册、服务发现、负载均衡、容灾等功能。

Hadoop生态系统：在大数据处理方面使用了Hadoop生态系统。

总结来说，阿里巴巴的工程师使用的系统是多元化的，涵盖了Linux和Windows操作系统，以及自主开发的分布式系统和编程框架。这些系统的选择和使用旨在提高代码质量、加快分布式系统的开发速度，并为用户提供更好的产品和服务。