生态工程的基本原理包括以下几个方面：

生态系统的一体化管理：

生态工程旨在保护自然环境的同时，促进生态系统的健康发展。通过调节生态系统中的物理、化学和生物学过程，实现对生态系统的修复、保护和可持续发展。

物质循环再生原理：

生态工程遵循物质循环再生的原则，例如通过无废弃农业、沼气利用等方式，实现资源的循环利用和废弃物的再生利用。

物种多样性原理：

生态工程强调物种多样性，通过保护生物多样性，增强生态系统的稳定性和抵抗能力。例如，在森林生态系统和草原生态系统中，保护多种植物和动物种类。

协调与平衡原理：

生态工程需要协调人类活动与自然环境的关系，保持生态系统的平衡。例如，通过建设防护林来防止沙漠化，或通过稻田养鱼养鸭等方式实现农业生产的生态平衡。

整体性原理：

生态工程将人类与自然环境视为一个整体，注重生态系统各组成部分的相互关联和相互作用。在实施过程中，需要从整体上考虑生态系统的恢复和维护，如湿地恢复和修复需要综合考虑植物、水质、土壤等多个因素。

自然性原理：

生态工程在实施过程中，必须尊重和利用自然生态系统的自然规律，遵循自然修复的原理，如通过建立排水与蓄水系统、引入植物和恢复生物多样性等措施，促使生态系统自我修复。

综合性原理：

生态工程需要综合考虑生态系统中的各种因素和生态系统与人类活动的关系，进行综合治理。例如，在废水处理中，采用人工湿地、自净力池等方法，同时考虑水资源的合理利用和保护。

可持续性原理：

生态工程的实施必须符合可持续发展的原则，即在改善生态环境的同时，保障经济、社会和环境的可持续发展。生态工程不能以短期利益为导向，而应注重长远发展。

先进性原理：

生态工程应采用先进的技术和管理方法，提高生态工程的效益和可持续性。例如，运用先进的科技和管理手段，提高生态工程的治理效率和管理水平。

这些原理共同构成了生态工程的理论基础，指导着生态工程的设计、实施和评价，以实现人与自然和谐共生的目标。