基因工程中使用的酶主要包括以下几种：

限制性核酸内切酶（Restriction Enzyme）：这类酶能够识别特定的DNA序列，并在这些序列的特定位置切割DNA分子，从而产生DNA片段。它们在基因工程中扮演着“分子剪刀”的角色，用于精确地切割DNA，以便进行后续的基因操作。

DNA连接酶（DNA Ligase）：连接酶能够将DNA片段的末端连接在一起，形成磷酸二酯键，从而将DNA片段拼接成完整的DNA分子。在基因工程中，它负责将目的基因与载体DNA连接起来，构建重组DNA分子。

DNA聚合酶（DNA Polymerase）：DNA聚合酶在基因工程中用于添加核苷酸，以延长正在合成的DNA链。它们在DNA复制和某些类型的基因工程操作中起到关键作用。

反转录酶（Reverse Transcriptase）：反转录酶能够从RNA模板合成DNA，这在合成cDNA（互补DNA）时非常有用，因为cDNA是通过反转录过程从mRNA模板合成的。

解旋酶（Helicase）：解旋酶能够解开DNA双螺旋，使其成为单链，以便进行切割和复制等操作。

核酸酶（Nucleases）：核酸酶能够水解DNA或RNA，用于去除特定的DNA或RNA序列，或在基因工程中用于其他目的，如去除不需要的DNA片段。

T4噬菌体DNA连接酶（T4 DNA Ligase）：这是一种特殊的DNA连接酶，用于连接DNA片段，尤其在DNA重组实验中常用。

T4多聚核苷酸激酶（T4 Polynucleotide Kinase）：这种酶能够将ATP的磷酸基团转移到DNA或RNA的5'端，常用于DNA片段的标记和修饰。

碱性磷酸酶（Alkaline Phosphatase）：这种酶能够去除DNA连接过程中残留的磷酸基团，使DNA片段的末端更加平滑，便于连接。

这些酶在基因工程中发挥着至关重要的作用，它们的应用使得基因操作变得更加精确和高效。根据不同的基因工程任务，可能会选择使用不同的酶组合来实现最佳效果。