自动化工程系的专业选择主要取决于个人的兴趣、职业规划以及市场需求。以下是一些建议的专业，这些专业在自动化领域具有较好的就业前景：

电气工程及其自动化

该专业涵盖了电力系统、电机与电力电子、控制理论等多个方向，培养具备电气工程和自动化技术的高级工程技术人才。毕业生在电力公司、电气设备制造企业、科研院所等领域具有广泛的就业前景。

智能控制技术

随着智能化技术的不断发展，智能控制技术逐渐成为自动化领域的热门专业。该专业主要研究智能控制系统的设计、分析、调试和维护，培养具备智能控制系统集成、调试和维护能力的技术人才。

工业机器人技术

该专业专注于智能机器人的研发、设计、制造和应用，培养能够从事智能机器人系统集成、调试、维护和管理的技术人才。工业机器人技术在智能制造、航空航天、能源管理等领域具有广阔的应用前景。

机电一体化技术

该专业融合了机械、电子、计算机和自动控制等技术，旨在培养具备机电一体化产品设计、制造、调试和维护能力的技术人才。毕业生可从事公司企业或科研院所等从事机电一体化产品和系统的设计、制造、使用维护和开发工作。

电气自动化技术

该专业培养具备电气设备和自动化系统的设计、安装、调试、运行和维护能力的技术人才。具有工作适应面广、社会需求量大且稳定的特点。

工业过程自动化技术

该专业培养能从事工业生产过程检测、生产过程自动化控制系统的运行、维护、管理，以及过程自动控制系统改造的高级技术技能人才。

工业网络技术

涉及工业通信、网络协议、网络安全等领域，培养能够从事工业网络系统设计、实施、维护和管理的高级技术人才。

建议

选择专业时，建议考虑个人的兴趣和长期职业规划。例如，如果你对机器人技术感兴趣，那么工业机器人技术专业可能是一个好的选择。

了解各个专业的课程设置和就业方向，选择最适合自己的专业方向。

关注行业发展趋势，选择当前及未来市场需求较大的专业。

通过以上分析，可以根据个人情况和市场需求，选择最适合自己的自动化专业。