工程审计报告应当包含以下内容：

审查决算资料的完整性

建设、施工等与建设项目相关的单位应提供的资料，包括经批准的可行性研究报告、初步设计、投资概算、设备清单、工程预算、结算书、财务决算报表、合同及协议书、竣工验收资料、施工图、竣工图、设计变更、现场签证、施工记录、设备材料采购及入出库资料、财务会计报表、会计账簿、会计凭证及其他会计资料、工程项目交点清单及财产盘点移交清单等。

竣工财务决算报表和说明书完整性、真实性审计

审查竣工工程财务决算表、交付使用资产总表、交付使用资产明细表等财务报表的真实性和完整性。

各项建设投资支出的真实性、合规性审计

包括建安工程投资审计、设备投资审计、待摊投资列支的审计、其他投资支出的审计、待核销基建支出的审计、转出投资审计等。

建设工程竣工结算的真实性、合规性审计

包括约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项是否规范，工程设计变更价款调整事项是否约定，施工现场的造价控制是否真实合规，工程进度款结算与支付是否合规，工程造价咨询机构出具的工程结算文件是否真实合规。

概算执行情况审计

包括实际完成投资总额的真实合规性审计，概算总投资、投入实际金额、实际投资完成额的比较，分析超支或节余的原因。

交付使用资产真实性、完整性审计

包括是否符合交付使用条件，交接手续是否齐全，应交使用资产是否真实、完整。

审计合同履行情况

审计与建设项目有关的单位是否认真履行合同条款，有无违法分包、转包工程，检查变更、增补、转让或终止情况的真实性、合法性。

审计内控制度建立、执行情况

审计建设单位是否建立健全并执行了各项内控制度，如工程签证、验收制度，设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度，费用支出报销制度等。

审计工程设计变更、施工现场签证手续

是否合理、合规、及时、完整、真实，工程预算款及结算是否按合同办理。

审计工程成本核算及账务处理

是否符合《国有建设单位会计制度》的要求，是否有利于建设项目的管理及竣工决算的需要，建设资金到位情况是否与资金筹集计划或投资进度相衔接，有无大量资金闲置或因资金不到位而造成停工待料等损失浪费现象。

其他相关内容

根据具体审计项目的需要，可能还包括对施工进度与质量、材料采购情况等方面的审计。

在编写工程审计报告时，应确保内容全面、准确，并遵循国家相关法律法规和审计准则，以保证审计结果的真实性和可靠性。