工程审计流程通常包括以下几个步骤：

资料收集与审前调查

接收并登记被审计单位送达的审计资料，如施工图、竣工图、合同文件、变更记录等。

由审计组长对项目情况进行审前调查，填写项目信息表，并做好审前调查报告或记录。

审计准备

主审根据项目情况制定详细的审计方案，明确审计范围、重点、方法和时间安排。

主审负责草拟审计通知书，并附上承诺书、提供资料清单、审计公示、廉洁反馈单等。

分管局长签发审计通知书，并送达被审计单位。

审计实施

对组织审计的项目，由工程主审负责对审计程序、质量、进度等进行跟踪检查。

外聘人员在与施工单位核对前应将初审情况告知工程主审，由工程主审与施工单位联系并在审计局指定地点进行核对。

对审计异议问题，科室负责人召集审计组商议，并请分管领导一并参加，形成一致意见的均应形成业务会议纪要。

工程核定单经登记后，由审核人签字，建设、施工单位签字盖章后，送审计局，复核、批准、盖章后生效。

一般项目在接到报审之日起30天内完成，大型项目或有特殊情况的可适当延长审计期限，但应将延长理由告知被审计单位。

审计报告编制与审查

审计师根据审计结果编制审计报告，报告中详细列明审计结果、发现的问题及建议。

审计报告经审计机构审查后，报送公司领导及有关部门。

审计回访与跟踪

出具审计报告后，审计人员需要对被审计单位进行回访，了解审计意见的采纳情况。

对审计中发现的问题进行跟踪，确保问题得到妥善解决。

以上步骤构成了一个完整的工程审计流程，旨在确保审计工作的质量、效率和公正性。