工程企业需要缴纳的税种主要包括以下几种：
增值税
一般纳税人增值税征收率为9%。
一般纳税人选择简易计税法和小规模纳税人的适用增值税税率为3%。
企业所得税
纳税人分为居民企业和非居民企业，企业所得税的计税依据是应纳税所得额，即企业每个纳税年度的收入总额减去不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，税率为25%。
小微企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，并按20%的税率缴纳企业所得税。
国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。
印花税
建设工程施工合同需要缴纳印花税，按合同承包金额万分之三计算。
产权转移书据的印花税税率为价款的万分之五。
城市维护建设税
根据缴纳的增值税额来计算，税率按照工程所在地的城乡类型不同分别确定，市区为增值税额的7%，乡镇为增值税额的5%，其他为增值税额的1%。
教育费附加和地方教育费附加
教育费附加税额为增值税的3%。
地方教育费附加税额为增值税的2%。
个人所得税
工程企业还需要代扣代缴员工的个人所得税。
总结：
工程企业主要需要缴纳的税种包括增值税、企业所得税、印花税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加以及个人所得税。具体税率和计算方法根据企业类型、业务性质以及相关政策有所不同。建议工程企业在日常经营中注意遵守相关税收法规，合理规避税务风险。
