工程审计费用主要包括以下几类：

基本审计费

按单项工程总投资额计取，无论是否有审减（增）额都需要支付，属于保底费用。

审减（增）额审计费

根据审减（增）额减去允许差额后的余额计取。例如，一个100万元投资额的工程，审减额为8万，其中允许差额为5万，审减余额为3万，审计额费率为6‰，则费用为0.6万+0.15万=0.75万。一般情况下，基本审计费由投资方承担，而审减（增）余额审计费由编制方承担。

工程设计相关审计费

只委托做初步设计或施工图设计时，根据行业划分设计工作量各占的比例并乘以1.1的系数计算收费。如果增加编制施工图预算，则按工程设计收费标准乘以1.1系数计算收费。

工程设计中采用标准设计（标准构配件图除外）、复用设计，按同类新设计项目的20%收费。

工程技术咨询服务费

包括参加规划调查、询价、报价、对外谈判等技术服务工作，以及没有制订具体收费标准的工作，可采用按直接生产人员工日计算收费的办法，收费标准为每工日85元。

法院工程审计收费标准

工程造价审计收费通常采用基本收费+追加收费两部分组成，基本收费一般定为建设单位送审总造价的0.1--0.3%左右，追加收费一般定为中价机构审减金额的4--9%左右。

竣工财务决算审计费

工程决算审计基本收费一般定为建设单位送审总造价的0.1-0.3%左右，追加收费一般定为中价机构审减金额的4-9%左右。

差额定率累进计费方式的审计费

工程造价审核的收费标准中，若各项核增、核减金额相抵后最终差额不超过5%的，咨询服务费由委托单位支付；最终差额超过5%的，超过部分由原工程造价编制单位支付。

这些费用标准和计算方法可能因地区和具体项目的不同而有所调整。建议在实际操作中，根据当地的具体规定和项目的实际情况，与审计部门进行详细沟通和协商，以确保审计工作的顺利进行和费用的合理支付。