工程结算审计的主要内容包括以下几个方面：

审核竣工结算编制依据

审查工程竣工报告、竣工图及竣工验收单。

核查工程施工合同或施工协议书。

对照施工图预算或招标投标工程的合同标价。

审核设计交底及图纸会审记录资料。

核查设计变更通知单及现场施工变更记录。

审查经建设单位签证认可的施工技术组织措施。

审核预算外各种施工签证或施工记录。

核查合同中规定的定额、材料预算价格、构件、成品价格。

了解并审核国家或地区新颁发的有关规定。

审核工程量

核定施工工程量，对照图纸尺寸进行计算，或依据图纸重新编制工程量计算表进行审计。

重点审核投资比例较大的分项工程，例如基础工程、混凝土钢筋混凝土工程、钢结构等。

仔细审核容易混淆或出漏洞的项目，避免虚增工程量或重复计算。

审核工程价款

检查单价的套用是否正确，是否按照合同约定的计价定额、取费标准执行。

审查材料用量及价差，确保材料消耗数量准确，符合预算价格。

核查工程进度款的支付方式、数额及时限，以及工程施工中发生变更时工程价款的调整方法、索赔方式、时限要求及金额支付方式。

审查竣工质量验收和竣工决算的合规性

核查未完部分尾工预提费用的合理性。

检查双方经济往来是否清楚，有无违反结算纪律行为。

审核相关合同和协议

仔细研究合同、协议、招投标文件，确定工程价款的结算方式。

核查合同的计价类型及调价条款，根据结算调价条款进行工程价款审计。

注意合同签订后可能签订的补充协议，特别是政府投资工程中可能出现的增加工程价款条件。

审核其他相关事项

审查施工企业资质，防止挂靠、无资质等级及无取费证书的施工企业参与工程。

核查预付工程款的数额、支付时限及抵扣方式。

审查工程竣工价款的结算与支付方式、数额及时限。

核查工程质量保证（保修）金的数额、预扣方式及时限。

审查安全措施和意外伤害保险费用。

核查工期提前或延后的奖惩办法。

审查与履行合同、支付价款相关的担保事项。

通过以上内容的审计，可以确保工程结算的准确性、合规性和真实性，从而保障建设单位和施工单位的合法权益。